Научно-исследовательская и опытно-конструкторская деятельность университета осуществляется по следующим ключевым направлениям: нанотехнологии и новые материалы; биомедицинские и фармацевтические технологии; биотехнологии пищевых производств и переработки сельскохозяйственной продукции; аэрокосмические и геоинформационные технологии; территориальное планирование; нейрокомпьютеры, параллельные и высокопроизводительные вычисления; комплексная безопасность инфраструктурных объектов и территорий; гостиничный и туристический сервис; конфликтология; кавказоведение, культура и традиции народов Северного Кавказа; этнодемографические процессы.
Сформированная научная инфраструктура позволяет университету выполнять крупные исследовательские и технологических проекты, реализуемые в рамках Постановления Правительства Российской Федерации №218, №220, поддержанные Государственным заданием, научными фондами, а также выполнять работы по заказу коммерческих предприятий и органов власти.
Результаты исследований ученых СКФУ публикуются в ведущих мировых журналах, входящих в международные базы Web of Science и Scopus, а также представлены на ключевых форумно-выставочных мероприятиях, среди которых: Национальная выставка «ВУЗПРОМЭКСПО»; Всероссийский Фестиваль науки «Nauka 0+»; Международная выставка «PROЯблоко 2022»; Китайская выставка высоких технологий и др.
Дополнительную информацию о формах совместных научно-исследовательских работ с СКФУ можно получить в Департаменте науки.
С 10 ноября 2014 года электронная библиотечная система «Руконт» (http://rucont.ru/) открыла Северо-Кавказскому федеральному университету тестовый доступ к ряду коллекций сроком на 30 дней. Также преподавателям и студентам СКФУ с 30.10.2014 по 29.04.2015 предоставлен тестовый доступ к электронной библиотечной системе BOOK.ru (www.book.ru)